Trường THCS Quế Long được tách ra từ trường phổ thông cơ sở (cấp I.II) Quế Long từ năm 1993 theo quyết định số 78/QĐ-TCCB ngày 18/6/1993 của Tổ Chức Cán Bộ Sở Giáo dục- Đào tạo Quảng Nam Đà Nẵng. Trường được thành lập mới với tên gọi trường THCS Quế Long tọa lạc trên một khuôn viên khá đẹp dưới chân Đèo Le thuộc xã Quế Long, huyện Quế Sơn.
Từ năm học 1993-1994 đến những năm 2000-2001 trường có số lượng lớp trên 10 lớp và có số học sinh hằng năm trên 300 em. Với qui mô trường nhỏ, bề dày thành tích chưa nhiều, nhưng trong những năm qua nhà trường đã không ngừng đổi mới và lớn mạnh. Được sự quan tâm của chính quyền các cấp, sự hỗ trợ tích cực của phòng Giáo dục và Đào tạo huyện Quế Sơn, cùng với sự năng nổ, nhiệt tình, hết lòng vì tập thể của đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên, trường đã được sửa sang và xây dựng lại khang trang hơn, tạo điều kiện tốt cho thầy và trò yên tâm dạy, học.
Với phương châm đổi mới và nâng cao hiệu quả giáo dục, nhà trường bao giờ cũng đặt vấn đề chất lượng giáo dục lên hàng đầu. Để làm tốt công tác này, đội ngũ cán bộ quản lý nhà trường luôn sâu sát trong chỉ đạo chuyên môn cũng như các công tác giáo dục đạo đức học sinh. Thực hiện đổi mới phương pháp dạy học. Từ năm học 2001-2002 đến nay, nhà trường thường xuyên tổ chức sinh hoạt chuyên môn các tổ, nhóm, đổi mới phương pháp dạy học theo hướng dạy học tích cực, lấy học sinh làm trung tâm. Hội đồng Sư phạm thực hiện các tiết dạy đều sử dụng đồ dùng dạy học hiện có và tiếp cận với công nghệ thông tin, tổ chức dạy học bằng giáo án điện tử, những tiết học này đã thực sự gây hứng thú cho cả thầy và trò.
Với một đội ngũ giáo viên giàu kinh nghiệm và yêu nghề, với truyền thống hiếu học của học sinh, Nhà trường đã đạt được nhiều kết quả tốt trong những năm qua. Kết quả thi học sinh giỏi cấp huyện, cấp tỉnh trong những năm gần đây có nhiều khới sắc. Năm học 2013-2014, 2014-2015: Trường có 45 học sinh đạt giải, trong tất cả các môn dự thi cấp huyện và đạt 3 giải cấp tỉnh. Tỉ lệ học sinh thi tốt nghiệp và xét tốt nghiệp hàng năm trung bình 95-100%, tỉ lệ học sinh vào trường phổ thông trung học đạt từ 95% trở lên. Nhà trường cũng đã nhiều năm liền đạt trường Tiên tiến và luôn đạt cơ quan văn hóa.
Ngoài việc nâng cao hiệu quả giáo dục, nhà trường còn chú trọng công tác xây dựng Đảng, xây dựng các đoàn thể vững mạnh. Tổ chức Đảng và các đoàn thể trong nhà trường trong những năm qua luôn được công nhận “Chi bộ trong sạch- vững mạnh”, “Công đoàn vững mạnh” “Liên Đội vững mạnh”. Với thành tích 5 năm liền xuất sắc, công đoàn trường đã được Liên đoàn lao động huyện tặng bằng khen. Tiếp tục truyền thống của nhà trường trong năm học 2012 -2013 đên năm học 2015-2016 trường THCS Quế Long đã tiến hành xây dựng trường đạt chuẩn Quốc Gia giai đoạn I và sẽ được kiểm tra, công nhận vào tháng 10 năm 2015. Một tín hiệu đáng mừng cho nhà trường và phong trào giáo dục xã nhà trong thời gian đến.